據(jù)審計署組織對對16個?。▍^(qū)）2006年中央支農專項資金的審計調查，中央支農專項資金已成為基層政府解決“三農”問題的重要資金來源，有力地促進了新農村建設。但從審計調查發(fā)現(xiàn)的情況看，由于資金投向分散、管理和分配層次多，一定程度上影響了中央支農專項資金效益的發(fā)揮。
一是資金總體尚未有效統(tǒng)籌和整合。目前，從中央到省、市、縣，都有20個左右的部門參與資金分配和管理，每個部門負責分配數(shù)量不等的專項資金，導致多頭管理，多渠道分配，項目點多面廣、資金比較分散，相當一部分存在交叉重復。審計調查涉及的50個縣收到的按項目管理的23.8億元支農專項資金，分散投向了4.5萬個實施項目。這種狀況使得地方很難根據(jù)實際集中財力解決突出問題。
二是項目管理和資金分配層次多、鏈條長，影響項目執(zhí)行進度。目前，中央支農專項資金分配大多采取層層上報項目，再由中央、省有關部門選擇確定并直接分配到具體項目的工作機制，導致申報時間長、資金撥付遲緩、項目執(zhí)行進度滯后，有的支農項目未能在當年組織實施。
此外，審計調查還發(fā)現(xiàn)一些地方仍存在擠占挪用專項資金的問題。抽查的50個縣2006年擠占挪用1.25億元，主要用于平衡預算、彌補行政經費等。
國務院已責成財政部、農業(yè)部、發(fā)展改革委等部門和有關地方政府采取措施，認真整改審計調查發(fā)現(xiàn)的問題。有關地方和部門已就追繳資金、追究責任、完善制度、加強管理等方面提出了具體整改意見。
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