此次共審計55個中央部門，延伸審計285個所屬單位。2008年，這55個中央部門共收到財政撥款3451.66億元，占中央財政本級支出的26%。審計財政撥款1159.58億元，其中：部門本級859.03億元，占這些部門本級財政撥款總額的95%；所屬單位300.55億元，占這些部門所屬單位財政撥款總額的12%。
從審計情況看，中央部門2008年預(yù)算執(zhí)行情況總體較好。一是執(zhí)行預(yù)算比較嚴(yán)格。有98%的財政撥款預(yù)算得到及時足額批復(fù)，財政撥款支出完成預(yù)算的97%，在中央部門公用經(jīng)費(fèi)預(yù)算統(tǒng)一削減5%的基礎(chǔ)上，44個部門公用經(jīng)費(fèi)實(shí)際支出控制在預(yù)算之內(nèi)。二是內(nèi)部管理不斷完善。7個部門建立了預(yù)算內(nèi)部公開制度，大部分部門探索試行了項目績效考評制度，有的部門擴(kuò)大了財務(wù)聯(lián)網(wǎng)集中核算范圍，有的開展了所屬單位領(lǐng)導(dǎo)人員經(jīng)濟(jì)責(zé)任審計。三是依法理財和預(yù)算觀念得到加強(qiáng)。審計發(fā)現(xiàn)的違法違規(guī)問題呈下降趨勢，今年預(yù)算執(zhí)行審計查出的違規(guī)問題金額占審計財政撥款額的比重比去年下降了3.2個百分點(diǎn)；44個部門還制定和完善規(guī)章制度153項，預(yù)算管理的規(guī)范化程度不斷提高。
這次審計發(fā)現(xiàn)違規(guī)問題40.5億元，損失浪費(fèi)問題4.67億元，分別占審計財政撥款額的3.5%和0.4%。
此外，由于部門工作任務(wù)確定時間往往晚于部門預(yù)算編報時間，部門工作安排與部門預(yù)算安排不能很好地銜接，導(dǎo)致部分部門預(yù)算年初難以細(xì)化到具體項目和單位，影響部門預(yù)算編制的準(zhǔn)確性和完整性。如教育部、審計署等15個部門本級年初預(yù)算有103.92億元未細(xì)化；科技部、新華社等29個部門本級動用的以前年度財政撥款結(jié)余等45.81億元未編入部門預(yù)算。
對上述問題，國務(wù)院已責(zé)成有關(guān)部門采取有效措施認(rèn)真整改，并完善相關(guān)制度。各部門認(rèn)真貫徹落實(shí)中央關(guān)于黨政機(jī)關(guān)厲行節(jié)約及開展“小金庫”專項治理工作等規(guī)定積極整改，在審計過程中已糾正各類問題14.72億元，制訂了86條整改措施，12個部門成立了會議費(fèi)清查小組，5個部門已對有關(guān)人員給予政紀(jì)處分。部門決算（草案）審計發(fā)現(xiàn)的問題，相關(guān)單位已按照審計長簽署的意見在財政部批復(fù)決算前予以糾正。
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